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NMRスペクトルの表示を変える — CANVASをカスタマイズ
JASON CANVAS(キャンバス)の紹介: JASONにおいてユニークかつ素敵なことのひとつは、キャンバス(CANVAS)であると思います。キャンバスでは、複数の異なる種類のアイテムを同時に開くことができるます。また解析しているNMRスペクトルと(予測)分子構造との間にリンクを作ることなどができます。リンクをつくる方法については、今後のブログ記事でまた改めて紹介する予定です。 JASONのキャンバスは、データ(NMRデータ、分子構造、シミュレーション・スペクトル、信号帰属の予測、画像、テキスト)表示とユーザーの操作について、新たな可能性を拓くものです。しかし、作成するドキュメントの最終的な見栄えについての好みやニーズは人によって異なるものであることをわれわれは認識していいます。実際、JASONの開発チームのメンバーの中で、キャンバスの設定をお互い同じにしている2人はいないと思います。 この記事では、NMRスペクトルの表示方法に関して、JASONにはどのような選択肢があるのかを紹介したいと思います。 グリッド線の表示 キャンバスで開いたスペクトルには、グリッド線を表示することが出来ます。このグリッド線は固定したものではなく、スペクトルのズームレベルに合わせてスケールが調整されます。また、設定により、グリッド線を常に(グローバルに)表示する、もしくは非表示にする選択が出来ます。あるいは、個々のスペクトルに対して、それを表示もしくは非表示にするよう選択することも出来ます。下の画像は、同じスペクトルに対してグリッド線を表示(上)もしくは非表示(下)にしたものになります。 [...]
結合定数を測る:part1
NMR分光法において、1Hと13Cのような核間の異種核スピン-スピン結合は豊富な化学構造情報を提供します。しかしながら、時には情報が多すぎることや1H-1Hスカラーカップリングのような競合する情報に惑わされることが問題となります。複雑なNMRスペクトルを単純化したり、結合定数の測定を容易にしたりするため、これまで長年にわたって、数多くの非常にエレガントで興味深いNMRの手法が開発されてきました。これからいくつかの投稿を通して、最も重要で汎用的な方法に関する簡単な概要を提示しようと思います。最初の投稿では、数ある実験手法の中でも最もシンプルな選択的デカップリングを高分解能13Cスペクトルに使用した例を示します。以下に示すデータはROYAL-HFXプローブを備えた3チャンネルの JEOL ECZ-500分光計で測定し、JASONソフトウェアによって解析を行ったものです。 二重共鳴法 二重共鳴NMR(デカップリング)のアイデアはNMRが出始めた頃にWeston A. Andersonの論文の中で生まれました。そのWes(Weston)の仕事を含み、1950年代初頭(化学者がNMRを見つけた頃)のNMRに関する非常に良いレビューにRay Freemanのブログ(http://ray-freeman.org/nmr-history.html)があります。この文章は、啓蒙的で歴史的に重要なだけでなく、読んでいて非常に楽しいものでもあります。 [...]
JASONで使えるショートカットキー:煩わしさを避けて、賢く作業。
NMRデータの解析をするときは、解析にはもちろん何の手も抜きたくはありませんが、解析に必要なツールは面倒なく使いたいものです。JASONでは、そのようなツールへアクセスする近道(ショートカットキー)を用意しています。 JASONには、一般的なショートカットキー、例えばCtrl+S(MacではCmd+S)のようなものだけでなく、コンテキストツールバーの各ツールのような解析に特有の機能にもショートカットキーを設けて、ユーザーの仕事を手助けします。JASONのこれらのショートカットキーの優れたところに、ユーザーのいまいる操作モードに関わらず、別の操作モードへ一時的に切り替えること出来ることが挙げられます。 具体例: 例で紹介します。スペクトルの解析のときに私がいつもやってしまうことに(学習しない!?)、以下のようなことがあります。マルチプレット解析をするとき、私はマルチプレット解析ツールを開きます(キーボード上 ’m’ で開始)。カーソルの形がマルチプレット解析のそれに変わり、作業がここまで順調に進んでいることを示しています。がしかし、次の瞬間に、例えば次のようなことに気が付きます。つまり、解析しようと思っているピークには隣り合うピークがあって、その片方だけを選択するにはスペクトル画面が十分に拡大されていないということに、です。私は操作をやり直さないといけないのでしょうか?いいえ、心配は要りません!慌てずに 画面のズーム機能に相当するショートカットキーである‘z’を押します。するとその間、カーソルはズームモードの形に変わり、操作は一時的にズームモードになります。それで2つのマルチプレット信号の片方のピークの選択を行うのに必要な分だけ画面を拡大します。その後、’z’ [...]