JASONブログ
旧システムにおける機器使用情報の抽出
最新のJEOL NMR装置に付属しているソフトウェアでは、システムがどのように使用されたかを管理者が評価することができます。JEOL Delta ver.5およびDelta ver.6ソフトウェアは、異なるユーザーに使用料を請求する必要がある場合でも、特定の測定を実行するためにどれだけの装置時間を費やしたかを評価したい場合でも、詳細な情報を提供し、装置時間を要約し、課金率が割り当て、各ユーザーにいくら請求するかを直接報告することができます。 しかし、すべてのプログラムがそのようなツールを提供しているわけではありません。例えば、20年以上前にリリースされたDelta ver.4は、いまだに多くの日本電子の旧システムで動作していますが、そのようなツールは提供されていません。しかし、console.log と呼ばれる、装置が何をしていたかのログは出力されます。このログには、装置の動作に関する詳細情報がたくさん含まれています。では、各測定でどれくらいの時間が費やされたかという情報を抽出するにはどうすればよいのでしょうか？そのためには、ログから関連する行を抽出するスクリプトを使えばよいです。Pythonは科学界で広く使われているスクリプト言語であり、JASONは必要に応じてPythonスクリプトを直接実行することができます。このようなスクリプトは、使い慣れたプログラミング言語で作成することができます。 [...]
「お気に入り」タブ：よく使うフォルダのアクセスに
「お気に入り（Favorites）」フォルダを使っていますか？ 何度もアクセスするデータフォルダがある場合、それを「お気に入り」タブに追加しておくと作業がとても効率的になります。あなたには何度も使うファイルはありますか？それは分子構造やテキストのファイルかもしれませんが、これらも「お気に入り」のフォルダに追加しておくことが出来ます。 「お気に入り（Favorites）」タブとその働き お気に入りタブは、ファイルブラウザパネルの一部として「ファイル」、「履歴」タブの隣にあります。 「お気に入り」タブはユーザーによって埋められていくものです。したがって、初めて開いたときや、設定を工場出荷時に戻すを選択したときには、「お気に入り」タブは空っぽであります。しかし心配には及びません、ここにフォルダを加えるのはとても簡単ですので。 「お気に入り」タブにフォルダを加える お気に入りタブにフォルダを追加する方法はいくつかあり、自分に合った方法を選ぶことができます。以下、それぞれの方法を説明します。 お気に入りタブにフォルダを追加する最初の方法は、ファイルブラウザの「ファイル」タブから行う方法です。「ファイル」タブ内でお気に入りに追加したいフォルダをクリックで選択し、そのうえでファイルパネルの上部ファイルパス右側の星印のボタンをクリックします。 [...]
NMRスペクトルの表示を変える — CANVASをカスタマイズ
JASON CANVAS（キャンバス）の紹介: JASONにおいてユニークかつ素敵なことのひとつは、キャンバス（CANVAS）であると思います。キャンバスでは、複数の異なる種類のアイテムを同時に開くことができるます。また解析しているNMRスペクトルと（予測）分子構造との間にリンクを作ることなどができます。リンクをつくる方法については、今後のブログ記事でまた改めて紹介する予定です。 JASONのキャンバスは、データ（NMRデータ、分子構造、シミュレーション・スペクトル、信号帰属の予測、画像、テキスト）表示とユーザーの操作について、新たな可能性を拓くものです。しかし、作成するドキュメントの最終的な見栄えについての好みやニーズは人によって異なるものであることをわれわれは認識していいます。実際、JASONの開発チームのメンバーの中で、キャンバスの設定をお互い同じにしている２人はいないと思います。 この記事では、NMRスペクトルの表示方法に関して、JASONにはどのような選択肢があるのかを紹介したいと思います。 グリッド線の表示 キャンバスで開いたスペクトルには、グリッド線を表示することが出来ます。このグリッド線は固定したものではなく、スペクトルのズームレベルに合わせてスケールが調整されます。また、設定により、グリッド線を常に（グローバルに）表示する、もしくは非表示にする選択が出来ます。あるいは、個々のスペクトルに対して、それを表示もしくは非表示にするよう選択することも出来ます。下の画像は、同じスペクトルに対してグリッド線を表示（上）もしくは非表示（下）にしたものになります。 Comparing the [...]
結合定数を測る：part1
NMR分光法において、1Hと13Cのような核間の異種核スピン-スピン結合は豊富な化学構造情報を提供します。しかしながら、時には情報が多すぎることや1H-1Hスカラーカップリングのような競合する情報に惑わされることが問題となります。複雑なNMRスペクトルを単純化したり、結合定数の測定を容易にしたりするため、これまで長年にわたって、数多くの非常にエレガントで興味深いNMRの手法が開発されてきました。これからいくつかの投稿を通して、最も重要で汎用的な方法に関する簡単な概要を提示しようと思います。最初の投稿では、数ある実験手法の中でも最もシンプルな選択的デカップリングを高分解能13Cスペクトルに使用した例を示します。以下に示すデータはROYAL-HFXプローブを備えた3チャンネルの JEOL ECZ-500分光計で測定し、JASONソフトウェアによって解析を行ったものです。 二重共鳴法 二重共鳴NMR（デカップリング）のアイデアはNMRが出始めた頃にWeston A. Andersonの論文の中で生まれました。そのWes（Weston）の仕事を含み、1950年代初頭（化学者がNMRを見つけた頃）のNMRに関する非常に良いレビューにRay Freemanのブログ（http://ray-freeman.org/nmr-history.html）があります。この文章は、啓蒙的で歴史的に重要なだけでなく、読んでいて非常に楽しいものでもあります。 パーフルオロ分子の例 [...]
JASONで使えるショートカットキー：煩わしさを避けて、賢く作業。
NMRデータの解析をするときは、解析にはもちろん何の手も抜きたくはありませんが、解析に必要なツールは面倒なく使いたいものです。JASONでは、そのようなツールへアクセスする近道（ショートカットキー）を用意しています。 JASONには、一般的なショートカットキー、例えばCtrl+S（MacではCmd+S）のようなものだけでなく、コンテキストツールバーの各ツールのような解析に特有の機能にもショートカットキーを設けて、ユーザーの仕事を手助けします。JASONのこれらのショートカットキーの優れたところに、ユーザーのいまいる操作モードに関わらず、別の操作モードへ一時的に切り替えること出来ることが挙げられます。 具体例： 例で紹介します。スペクトルの解析のときに私がいつもやってしまうことに（学習しない！？）、以下のようなことがあります。マルチプレット解析をするとき、私はマルチプレット解析ツールを開きます（キーボード上 ’m’ で開始）。カーソルの形がマルチプレット解析のそれに変わり、作業がここまで順調に進んでいることを示しています。がしかし、次の瞬間に、例えば次のようなことに気が付きます。つまり、解析しようと思っているピークには隣り合うピークがあって、その片方だけを選択するにはスペクトル画面が十分に拡大されていないということに、です。私は操作をやり直さないといけないのでしょうか？いいえ、心配は要りません！慌てずに 画面のズーム機能に相当するショートカットキーである‘z’を押します。するとその間、カーソルはズームモードの形に変わり、操作は一時的にズームモードになります。それで２つのマルチプレット信号の片方のピークの選択を行うのに必要な分だけ画面を拡大します。その後、’z’ キーを押すのを止めると、操作は元のマルチプレット解析モードに戻り、カーソルの形もマルチプレット解析のものに再び変わります。これで私は適切な拡大のサイズでマルチプレット解析を無事続けることが出来ました。 [...]
JASONによるSAPPHIRE ピュアシフトデータの処理
1HピュアシフトNMRスペクトルは通常の1Hスペクトルと比べて（各信号のシングレットが得られるため、その結果として）、最大で1桁程度までの見かけ上の分解能の向上が見込まれます。しかしながら、多くのピュアシフト実験で用いられている時間を区切ったデータの取り込み（chunked acquisition）は、一般に小さな周期的なアーティファクトを残念ながらスペクトルに生じさせます。これは、例えばダイナミックレンジの比較的小さい試料（例：単一試料）においてはそれほど深刻な問題にはなりませんが、少量の不純物（数％程度）を含むような試料の場合には問題になります。なぜなら、その小さな信号が不純物由来の信号なのか、測定のアーティファクトなのかがはっきりしなくなるためです。図１には、キニーネ（quinine）とカンフェン（camphene）の混合試料のZangger-Sterk（ZS）ピュアシフトスペクトルが示してあります。この試料のカンフェンのキニーネに対する相対濃度は１％であり、図を見てお分かりになるように、スペクトル全域に渡って小さなアーティファクトの信号が拡がっています。そのため、それらがアーティファクトなのかカンフェン由来の信号なのかの区別が、不可能ではないかもしれませんが、困難となっています。 図１．キニーネ（quinine）とカンフェン(camphene)混合試料のZS 1Hピュアシフトスペクトル。 [...]