最近の投稿  BeautifulJASONによるバッチ処理 – JEOL JASON , において、JASONとpythonパッケージBeautifulJASONを使って、NMRデータ処理を自動化する方法について説明しました。このブログでは、一歩離れて、コマンドラインから直接JASONを呼び出すだけで利用できる簡単な自動化機能のいくつかを紹介します。

 

環境の設定

InコマンドラインからJASONを簡単に使用するには、JASON実行ファイルの場所をパスに追加する必要があります。Windows上では、コントロールパネルからシステム環境編集の編集を開きpath変数を編集し、macOS上では、PATH環境変数にJASONを追加するか、 /usr/local/bin フォルダにJASON実行ファイルの場所へのシンボリックリンクを設定します。

Windowsの場合、JASON.exeは通常 C:\Program Files\JEOL\JASON.exe, にあり、macOSの場合、対応する場所は /Applications/JASON.app/Contents/MacOS/JASON.

 

JASON コマンドラインオプション

--help オプションを使用して　JASONを起動すると 、コマンドラインで利用できるオプションのリストが表示されます。期待される典型的なオプション、ヘルプ、バージョン情報など、ファイルの場所を指定するオプション、その他のオプションがあります。便利なオプションのいくつかを以下に説明します。

 

コマンドラインからのデータの読み込み

JASONにデータを読み込むには、JASONの後にファイル名やフォルダ名を付けて呼び出すだけです。

JASON.exe Proton.jdf

JASONを起動し、Proton.jdfファイルに含まれるプロトンスペクトルを読込みます。この方法で、JASONが理解できる全てのデータすなわち、全ての高磁場とベンチトップベンダーのフォーマットを読み込むことができます。

 

データの保存とヘッドレス作業

一般的なタスクは、データセットを読み込み、何らかの処理や解析を実行し、保存することです。次のコマンドはこれを行います：

JASON.exe Proton.jdf --save Proton.jjh5 --save Proton.pdf

JASONのJJH5ファイル形式とPDF形式の2つのドキュメントを保存します。複数の–saveオプションを指定することができ、JASONは、ファイル名に指定された拡張子からフォーマットを決定します。もし、自動処理と解析も実行したい場合は、JASONのルール機能を使って行うことができます。こちらは以下のブログを参照ください。 BeautifulJASONによるバッチ処理 – JEOL JASON, 及び Quality Control with BeautifulJASON: SBR analysis using ISO 21561.

大量のデータを処理するときに、JASONウィンドウがポップアップして邪魔になるのを避けたい場合、--headless オプションは、JASONがバックグラウンドで動作し、ウィンドウが表示されないようにすることができます。

 

実行中のJASONにデータを送る

コマンドラインからJASONを使用する強力な機能の1つは、すでに実行中のJASONインスタンスにデータを送信できることです。例えば、新しいデータが取得されたり、ワークフローの他の部分から送られてきたりしたときに、JASONにデータを送りたい場合があります。 --appid oオプションは、これを可能にします。これは、実行中のJASONインスタンスに 「名前」を与えるものです。同じappidを使用して別のコマンドを発行した場合、データは、新しいJASONインスタンスを開始するのではなく、そのJASONインスタンスを開くことになります。以下に、その動作の例を示します。まず、appidを使用してJASONを起動し、いくつかのデータを読込み込みます：

JASON.exe --appid MyJASON Proton.jdf

そして、同じappidを再利用することで、JASONのこのインスタンスにさらにデータを送ることができます：

JASON.exe –appid MyJASON COSY.jdf gHSQC.jdf

COSYスペクトルとHSQCスペクトルは、プロトンスペクトルと同じJASONウィンドウで開かれます。これは自動収集の終了時などに使用されることを想像するとわかりやすいです。JASONのインスタンスは、 --quit オプションを使ってコマンドラインから閉じることもできます。

このブログで説明したすべてのオプションは、シンプルでありながら強力な自動化ツールとして組み合わせることができます。この簡単なJASONコマンドラインの紹介で、JASONの自動化の可能性の一端をご理解いただけたと思います。JASONの自動化機能を紹介する今後のブログにご期待ください！

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